Рядом с храмами были могилы священников и знатных прихожан. На цвинтере Вознесенской церкви хоронили почетных граждан города. Вознесенская и Троицкая церкви в середине XIX века перешли в подчинение Синода и стали называться единоверческими. По условиям договора старообрядцев и господствующей церкви служба в единоверческих храмах велась по старопечатным книгам и строго соблюдался старый обряд.

Наряду с единоверческими церквами были в Клинцах две старообрядческие церкви. Одна – деревянная, на улице Пушкинской, во имя Преображения Господня. Она стоит и поныне. А другая – каменная, Покрово-Никольская, стояла на углу улиц Евлановки (ул. Свердлова) и Клинцовой (ул. Дзержинского). Церковь эта была построена в самом начале XX века купцом Николаем Степуниным. Рядом с храмом находилась семейная усыпальница Степуниных.

В мужском монастыре, за Зубовским кладбищем, стояла большая с шатровыми куполами красавица церковь во имя Образа Нерукотворенного Спаса. Лес скрывал сам мужской старообрядческим монастырь, но церковь хорошо была видна из Клинцов. За мужским монастырем, верстах в полутора от него, был старообрядческий женский Успенский монастырь с очень скромной церковью и несколькими кельями для пожилых монашек.

В Клинцах было несколько синагог. Одна из них, главная, на улице Петропавловской (ул. Кюстендильская) рядом с улицей Лысовкой (ул. Советской). В здании этой синагоги в 1930-х годах был открыт клуб швейной фабрики Дер-Эмес (Правда). Фабрика считалась еврейской потому, что все управление фабрикой и даже некоторые швеи были евреи. Здание сохранилось до наших дней. Другая синагога помещалась в доме по улице Пустынка, напротив мужской гимназии. Теперь улица Пустынка стала частью проспекта имени Ленина, а гимназия известна клинчанам как школа № 2 имени Герцена. Здание синагоги в 1930-е годы было разобрано и на фундаменте, частично расширенном, был построен первый в Клинцах звуковой кинотеатр, носивший долгие годы название “Октябрь”.

Была синагога по улице Александрова, в каком-то частном доме, и в Барышниковом переулке, между улицами Лысовкой (ул. Советской) и Клинцовой (ул. Дзержинского). После закрытия в городе церквей и синагог эти дома стали жилыми. За пределами посада Клинцы, в деревне Забегаевка, при еврейском кладбище была еще одна синагога.

В бывшем старообрядческом посаде Клинцы была единственная новообрядческая (или Никонианская) каменная церковь во имя Петра и Павла. Церковь стояла в центре города на высоком месте в окружении старинных кленов и лип. Среди прихожан церкви клинчан было мало, в основном это были жители окрестных деревень, где не было старообрядцев.

Почти все храмы города, кроме Троицкого, в 1930-е годы были закрыты. Несколько лет они стояли, лишенные крестов. В Покрово-Никольском храме была открыта пекарня, в Вознесенской церкви – склад зерна, в Преображенской – детский сад, в Покровской, рядом с Троицкой, – после войны устроили театр, а позже – склад Клинцторга. Но постепенно церкви стали исчезать. Колокольню вознесенской церкви разобрали. Из дубовых бревен сложили двухэтажное общежитие для студентов Текстильного техникума. Здание стоит напротив Техникума, в глубине квартала, отличаясь от соседних строений черным цветом дубовых бревен. Одно время в нем помещалась музыкальная школа. Здание самой Вознесенской церкви разобрали в 1941 году под предлогом строительства военных укреплений. Покрово-Никольскую церковь, разрушенную при бомбардировке города в 1943 году, разобрали на кирпичи в первые послевоенные годы. Троицкая церковь сгорела 8 февраля 1972 года. В мужском монастыре, в здании церкви во имя Образа Нерукотворенного Спаса в 1930-е годы сделали общежитие. Люди живут в нем до сих пор.